As raízes do Instituto de Biologia encontram-se na já centenária Escola de Agronomia Eliseu Maciel e nas Faculdades de Medicina, Veterinária e Odontologia. Em 1969, com a criação da Universidade Federal de Pelotas, contando com a participação de docentes egressos das referidas faculdades (em sua maioria agrônomos), o Instituto de Biologia assumiu sua atual estrutura organizativa contando, hoje, com cinco departamentos (Botânica, Zoologia e Genética, Morfologia, Microbiologia e Parasitologia, Fisiologia e Farmacologia) e quatro órgãos de apoio (Herbário, Horto Botânico, Museu de Ciências Naturais e Núcleo de Reabilitação da Fauna Silvestre ).

A administração é composta pela Direção da Unidade e secretaria, Chefias de Departamentos e secretarias, já os órgãos colegiados deliberativos são constituídos pela reunião dos Departamentos em nível de departamento e o Conselho Departamental em nível de unidade. As atividades acadêmicas do Instituto se concentram no atendimento às disciplinas de núcleo básico para os cursos de graduação de Agronomia, Engenharia Agrícola, Medicina Veterinária, Medicina, Odontologia, Enfermagem e Obstetrícia, Nutrição, Educação Física (licenciatura e bacharelado), Meteorologia, Química e Química de Alimentos.

A partir do primeiro semestre de 1995 com a implantação do curso de Ciências Biológicas (licenciatura e bacharelado com ênfases em Meio Ambiente, Botânica e Biotecnologia), a Unidade passou a ter seu primeiro curso a nível de graduação. Já no ano de 1996 o Instituto passou a ofertar o curso de Fisiologia Vegetal em nível de pós-graduação junto ao Departamento de Botânica. O Programa de Pós-Graduação em Fisiologia Vegetal, em nível de mestrado, iniciou sua atividade no ano de 1996 e em nível de doutorado em 2004, como resultado de cooperação entre a Universidade Federal de Pelotas e o Centro de Pesquisa Embrapa Clima Temperado, obtendo recomendação pela CAPES com conceito atual 4.

A partir do ano de 2003, o Curso de Ciências Biológicas foi dividido em dois outros cursos: Bacharelado e Licenciatura. No ano de 2004 foi criado outro curso de pós-graduação, nível Mestrado, na área de Parasitologia, junto ao Departamento de Microbiologia e Parasitologia. O quadro de pessoal e composto de 59 docentes efetivos, 19 docentes substitutos e de 37 técnicos dos mais capacitados da Universidade, seja pelo grau de qualificação dos seu componentes, seja pela considerável produção científica e atividades extensionistas desenvolvidas.

Criação do Instituto de Biologia:

Portaria nº 22, de 20 de fevereiro de 1970

Criação do Curso de Ciências Biológicas:

Portaria nº 006, de 26 de agosto de 1994

Reconhecimento do Curso de Ciências Biológicas pelo MEC:

Portaria nº 1.739, de 27 de outubro de 2000